Le siège se solda quelques mois plus tard par une défaite cinglante pour le camp chrétien et l’exécution de la plupart des meneurs. Cette émeute, connue sous le nom de Shimabara, faisait suite à de nombreuses exactions commises sur ordre du pouvoir shogunal comme en témoigne à quelques pas du Musée des Chrétiens d’Amakusa la stèle des 1 000 martyrs située dans le parc qui porte le même nom et domine la ville. C’est là qu’avait été érigé le château de Hondo, ancien fief du daimyô chrétien Konishi Yukinaga défait lors de la fameuse bataille de Sekigahara (1600) qui avait permis à Tokugawa Ieyasu d’asseoir son emprise sur le Japon et imposer par la suite son rejet notamment de l’influence chrétienne.
Comme dans d’autres parties concernées de l’Archipel, cette politique antichrétienne s’est renforcée après 1638. Malgré les persécutions dont ils ont fait l’objet, les fidèles ont continué à pratiquer leur religion en cachette, d’où l’émergence de l’expression “Chrétiens cachés” (kakure kirishitan). En se rendant au Musée du rosaire (1749 Ôe, Amakusa-machi. Ouvert de 8h30 à 17h, 300 yens) qui se trouve en contrebas de l’église d’Ôe construite, en 1933, en craie blanche par le père Ludovic Garnier, on découvre l’ingéniosité de ces fidèles persécutés capables d’aménager des petites pièces secrètes pour prier ou bien de concevoir de petites statues de la Vierge travestie en Kannon, déesse de la miséricorde dans le bouddhisme japonais, afin de ne pas être attrapés et suppliciés comme tant d’autres. A Sakitsu, au sanctuaire Suwa qui domine l’église achevée en 1934 moitié en bois moitié en béton faute de moyens, les Chrétiens cachés obligés de s’y rendre psalmodiaient “Anmenriyusu”, déformation de “Amen Deus”, pour ne pas attirer l’attention.
Pendant plus de deux siècles, les Chrétiens d’Amakusa ont dû faire preuve d’ingéniosité. L’inscription de ces sites au patrimoine de l’Unesco permet de mettre en lumière cette histoire tragique que la population locale défend avec force. Le rétablissement de la liberté de culte en 1865 a permis le retour de missionnaires étrangers au premier rang desquels des Français issus des Missions étrangères de Paris comme le père Ludovic Garnier à Ôe ou le père Augustin Halbout à Sakitsu. Si les persécutions ont entretenu une certaine crainte chez les habitants, aujourd’hui ceux qui croient en Jésus ou la Vierge ne se cachent plus. Les églises où parfois l’on se déchausse et s’assoit sur des tatamis font le plein lors des offices et dans les rues de Sakitsu, on peut apercevoir en levant la tête des statuettes de Marie dans certaines maisons.