L’édit de fermeture du pays (Sakoku rei) de 1635 promulgué par Tokugawa Iemitsu fut l’un des nombreux textes destinés à éliminer l’influence catholique et à renforcer le pouvoir du gouvernement. A l’époque, il craignait en effet que les missionnaires présents sur le territoire finissent par saper son autorité à travers la conversion de la population au catholicisme. Cet édit marqua un tournant dans l’histoire du pays et il fallut attendre la fin du XIXe siècle pour que la pratique de toutes les religions redevienne libre. C’est en 1946 que l’église de Setagaya fut fondée.